本中心以董事會為最高決策機關，置總經理一人綜理本中心業務（另得設副總經理一人），下設秘書處、業務處及資訊室等單位。另設諮詢委員會，聘請具有刑事偵查、現場勘驗、火場鑑識、筆跡鑑定、醫學或法醫學等專業背景之人士或其他專門職業技術人員擔任諮詢委員；並得視實際需要聘請專業單位或個人為本中心之專業技術顧問，以使本中心防制保險犯罪之工作能更趨專業、客觀，及有效率。
此外為凝聚保險業者防制保險犯罪之共識，本中心允許保險業者及其他相關單位以會員身分加入本中心；另亦得邀請對防制保險犯罪具有特別貢獻之團體或個人加入本中心為榮譽會員，共同為防制保險犯罪努力。